Το πλοίο «Ηράκλειον» απέπλευσε στις 7 Δεκεμβρίου του 1966 από το λιμάνι της Σούδας στα Χανιά με προορισμό τον Πειραιά. Τα ξημερώματα της επόμενης ημέρας, ενώ βρισκόταν κοντά στη βραχονησίδα Φαλκονέρα, εξέπεμψε σήμα κινδύνου.

Διασωθέντες ναυαγοί αλλά και μέλη του πληρώματος, περιγράφουν στην κάμερα της εκπομπής τα γεγονότα πριν από την αναχώρηση του πλοίου, αλλά και όλα όσα συνέβησαν κατά τη διάρκεια της βύθισής του. Σύμφωνα με την επίσημη εκδοχή των αρχών, η βύθιση του πλοίου προκλήθηκε όταν φορτηγό βάρους 25 τόνων, που επιβιβάστηκε καθυστερημένα, έσπασε την μπουκαπόρτα λόγω της θαλασσοταραχής, προκαλώντας πλημμύρα στο γκαράζ του πλοίου. Την άποψή τους στη «Μηχανή του Χρόνου» καταθέτουν, ακόμα, πραγματογνώμονες και μάρτυρες, υποστηρίζοντας πως η μπουκαπόρτα ήταν ήδη χαλασμένη και στηριζόταν πρόχειρα με συρματόσχοινα.

Τέλος, η εκπομπή παρουσιάζει πώς το ναυάγιο αυτό έγινε η αφορμή για τη δημιουργία ενός αξιόπιστου επιβατηγού στόλου και ενός συστήματος αυστηρών κανόνων ασφαλείας για την ακτοπλοϊκή σύνδεση της Κρήτης με τον Πειραιά.

Η «Μηχανή του Χρόνου» προβάλλεται κάθε Δευτέρα στις 21.00 και σε επανάληψη κάθε Κυριακή στις 17.00. Όλα τα επεισόδια της εκπομπής, μετά την προβολή τους στο COSMOTE HISTORY HD, είναι διαθέσιμα για δωρεάν, on demand θέαση στην υπηρεσία COSMOTE TV PLUS.