Αν και ο αντεισαγγελέας του Αρείου Πάγου Σοφουλάκης, κατέληξε στην αναφορά του ότι δεν προέκυψε ποινικά κάτι αξιολογήσιμο σε βάρος της κυρίας Τουλουπάκη και κατά συνέπεια η υπόθεση πρέπει να τεθεί στο αρχείο ο αλλά διαπιστώσε ποινικά αδικήματα κατά πέντε άλλων προσώπων Αγγελή, Ράικου, Μανιαδάκη, Φρουζή και Μανίας, τελικά ο προϊστάμενος της Εισαγγελίας Πρωτοδικών της Αθήνας Ευάγγελος Ιωαννίδης δέχθηκε την εισήγηση του αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Ευάγγελου Ζαχαρή. Η ποινική δίωξη κατά της Ελένης Τουλουπάκη, βασίζεται λοιπόν στην παραγγελία του αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου, Ευάγγελου Ζαχαρή

Τα αδικήματα για τα οποία ασκήθηκε δίωξη εις βάρος της κυρίας Τουλουπάκη είναι:

Κατάχρηση εξουσίας (κακούργημα), παράβαση καθήκοντος κατ εξακολούθηση, ψευδή βεβαίωση κατ εξακολούθηση, παραβίαση δικαστικού απορρήτου και παράβαση του νόμου περί προσωπικών δεδομένων (πλημμελήματα). Η δικογραφία έχει ήδη διαβιβαστεί προκειμένου να χρεωθεί σε ανακριτή. Ενώ μετά από την απόφαση του κ.Ιωαννίδη να δεχθεί την εισήγηση του κ.Ζαχάρη από την εισαγγελία Πρωτοδικών διατάχθηκε προκαταρκτική εξέταση με βάση τα περιγραφόμενα στο πόρισμα του δεύτερου αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Λάμπρου Σοφουλάκη, ο οποίος σε σχέση με την Ελένη Τουλουπάκη ζητεί αρχειοθέτηση.

Η νέα εισαγγελική έρευνα που ξεκινάει για την αναζήτηση ενδεχόμενων ποινικών ευθυνών τον αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Ιωάννη Αγγελή, την τέως επικεφαλής της εισαγγελίας Διαφθοράς Ελένη Ράικου, οι οποίοι είχαν εξεταστεί τόσο κατά τη διάρκεια της προκαταρκτικής ενώπιον του Αρείου Πάγο που όσου και ενώπιον της Βουλής για την «υπόθεση Παπαγγελόπουλου», όπως επίσης και τους κατηγορούμενους στην υπόθεση της Novartis Νίκο Μανιαδάκη και Κωνσταντίνο Φρουζή καθώς και τον μάρτυρα Ν. Μανία. Επίσης, δεύτερη προκαταρκτική έρευνα για διενεργηθεί με βάση παραγγελία του κ. Ζαχαρή για καταγγελίες που περιλαμβάνονται στις μηνύσεις που έχουν καταθέσει πολιτικά πρόσωπα για την υπόθεση. Επίσης, σε ό,τι αφορά τους δυο επίκουρους Χρ. Ντζούρα και Στ. Μανώλη ο φάκελος μπαίνει στο αρχείο καθώς και οι δυο ανώτατοι εισαγγελικοί λειτουργοί ότι δεν προκύπτουν στοιχεία σε βάρος τους.