Εσωτερικά προβλήματα φαίνεται πως έχουν δημιουργηθεί στον ΠΑΟΚ. Αυτά δημιουργήθηκαν από τη στιγμή που υπήρξε  η πιθανότητα να προπονείται με τους νταμπλούχους Ελλάδος ο Κυριάκος Παπαδόπουλος. Ο διεθνής αμυντικός είχε εξασφαλίσει ειδική άδεια από το Αμβούργο, όπου ανήκει, για να προπονηθεί με το σύνολο του Αμπέλ Φερέιρα, ωστόσο κάτι τέτοιο δεν θα συμβεί.

Σύμφωνα με όσα αναφέρει η γερμανική σελίδα «mopo.de», ο Πορτογάλος προπονητής δεν είχε ενημερωθεί επίσημα για αυτή την
απόφαση και εκνευρίστηκε όταν το διάβασε σε γερμανικά ΜΜΕ.

Η απάντησή του ήταν αρνητική, με αποτέλεσμα ο Παπαδόπουλος να προπονείται ατομικά, μέχρι να βρει τον επόμενο σταθμό της καριέρας του, αφού στον γερμανικό σύλλογο θεωρείται «ξένο σώμα».

Τα χρόνια του σε Ολυμπιακό και Σάλκε

Έκανε τα πρώτα του ποδοσφαιρικά βήματα στην ομάδα της ιδιαίτερης πατρίδας του, στον Σβορώνο Κατερίνης, αγωνιζόμενος μέχρι το 2007 σε ερασιτεχνικές κατηγορίες. Στα μέσα της ίδιας χρονιάς, υπέγραψε συμβόλαιο με τον Ολυμπιακό, με διάρκεια μέχρι τις 30 Ιουνίου 2010. Από την περίοδο που έγινε παίκτης του Ολυμπιακού κατέχει το ρεκόρ του νεαρότερου σε ηλικία ποδοσφαιριστή (15,5 ετών) στη Σούπερ Λίγκα. Στις 2 Δεκεμβρίου 2007 στη νίκη του Ολυμπιακού επί του Ατρόμητου στο Περιστέρι, με 3-1, ο Κυριάκος Παπαδόπουλος έγινε ο νεότερος ποδοσφαιριστής (15 ετών και 283 ημερών) που έχει αγωνιστεί στη μεγάλη κατηγορία, παίρνοντας το ρεκόρ από τον Κώστα Αντωνίου για εννέα ημέρες (ο παλαίμαχος άσος είχε κάνει το ντεμπούτο του σε ηλικία 15 ετών και 292 ημερών).

Το καλοκαίρι του 2008 συμπεριλήφθηκε από την UEFA στους 10 καλύτερους ανερχόμενους ποδοσφαιριστές εκείνης της περιόδου, στα «αστέρια του αύριο», όπως χαρακτηριστικά ανέφερε στην επίσημη ιστοσελίδα της, ενώ τον Οκτώβριο του ίδιου έτους, δημοσίευμα βρετανικής εφημερίδας ανέφερε ότι αποτελούσε στόχο της Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ.

Σάλκε

Τον Ιούνιο του 2010 συμφώνησε με τη γερμανική Σάλκε,[3] με τη φανέλα της οποίας συμμετείχε σε 7 αγώνες στο Champions League της περιόδου 2010-11, όταν η γερμανική ομάδα έφτασε μέχρι τα ημιτελικά της διοργάνωσης. Στα τέσσερα χρόνια παραμονής του στον γερμανικό σύλλογο ταλαιπωρήθηκε αρκετές φορές από τραυματισμούς, συμμετείχε ωστόσο σε 61 αγώνες της Μπουντεσλίγκα, πετυχαίνοντας και τρία τέρματα.